Upravu čine 3 člana, suvlasnika tvrtke:
Izvršni menadžment Perpetuum Mobilea čine voditelji pet sektora - organizacijskih jedinica tvrtke. Četiri su sektora, za infrastrukturna rješenja, portale i groupware, poslovna rješenja te iSite sektor izravno usmjereni korisnicima, dok je Sektor za financije i opće poslove podrška radu cijele tvrtke.